医药污水处理的水量及水质按所生产药品的种类而不相同，但蒸馏和洗瓶等工段排出的废水基本相同。抗菌素、抗血清等生产废水除含有以动物器官为主的动物性废水和以草药为主的植物性废水外，一般均含有氟、氰、苯酚、甲酚及汞化合物等有毒物质，同时含有大量的BOD、COD（母液可达数万毫克/升）及胶体物质。医药废水处理方法以沉淀生化处理（如接触氧化、延时曝气、活性污泥法及生物流化床等）方法为主。

抗生素在医学、农业和兽药上的过度使用导致全球范围内的抗生素抗性菌广泛传播。目前，抗性菌传播已成为全世界面临的一个严重健康隐患，在土壤，水体或空气等不同环境介质中均发现有较高比例的抗性菌或抗性基因存在。比如，对一些医药污水中抗生素抗性大肠杆菌进行调查发现，水体中各类抗生素抗性大肠杆菌普遍存在，并且许多菌株同时具有对多种抗生素的抗性。

医药污水处理中含有一些特殊的污染物，如药物、消毒剂、诊断用剂、洗涤剂，以及大量病原性微生物、寄生虫卵及各种病毒，如蛔虫卵、肝炎病毒、结核菌和痢疾菌等。此外，在设有同位素诊疗室的医疗机构污水中还含镭226、磷、金198、碘131等放射性物质。与工业污水和生活污水相比，它具有水量小，污染力强的特点。如任其排放，必然会污染水源，传播疾病。 医药污水处理曝气生物滤池工艺处理。

从某医药污水处理厂出水中分离出33株四环素抗性菌，经鉴定为均为肠杆菌科细菌，分别属于气单胞菌，埃希氏菌，肠杆菌，克雷伯氏菌，柠檬酸杆菌以及哈夫尼菌。其中部分细菌携带有质粒。在这些四环素抗性菌中，气单胞菌，埃希氏菌的平均最大生长量显著高于肠杆菌。四环素抗性菌的生长速度很快，气单胞菌的生长速率低于埃希氏菌和柠檬酸杆菌。大部分菌株的迟滞时间在2 h以内，各菌属间无显著差别。